• файлы не удаляются при удалении соответствующей записи БД
• проблемы при одновременной попытке обновления файла
• нарушение синхронизации между БД и файловой системой при откате транзакции
• при резервном копировании и восстановлении информации в БД может возникнуть рассинхронизация с файловой системой
• файлы не подчиняются ограничениям доступа, наложенным с помощью БД

1. Перед удалением записи делать SELECT с тем же условием и получать имена файлов, которые надо удалить. Проблема в том, что если удаляемых файлов много, эта операция может занять некоторое время и по хорошему на это время надо блокировать таблицу на чтение и запись, а во многих случаях это недопустимо.
2. Перед удалением устанавливать у удаляемых записей метку «подлежит удалению», получить все записи с этой меткой и удалить файлы, связанные с этими записями, и наконец удалить все записи с этой меткой. Запросы, работающие с этой таблицей следует доработать, чтобы они не выбирали записи с установленным флагом. Недостатки — необходимость правки множества запросов, к тому же у нас в проекте записи на удаление отбираются достаточно сложным SELECT, которые нельзя переделать в один UPDATE.
3. Первые два способа пытаются решить проблему «потерянных» файлов при удалении записей в БД, которая возникает при «классическом» способе хранения файлов, однако они не решают остальных проблем такого подхода, поэтому мы попытались придумать решения, использующие положительные моменты хранения файлов прямо в БД и избавиться от недостатков, присущих этому подходу.
4. Использовать триггеры. К сожалению, MySQL не имеет в своем языке поддержки команд работы с файлами, такие команды пришлось бы реализовывать самостоятельно, ковыряясь в исходниках MySQL. Из минусов — файлы должны храниться на том же хосте, что и БД, необходимость доработки MySQL, таких готовых решений мы не нашли.
5. Хранить файлы в БД, но отдавать их напрямую вебсервером, без участия PHP. Реализовать это можно, написав модуль к вебсерверу (nginx например) который позволял бы отдавать файлы напрямую из MySQL или применив драйвер файловой системы MySQLfs. Такой подход решает все перечисленные выше проблемы, но его недостаток — дополнительные накладные расходы на хранение файлов в MySQL.
6. Специализированный Storage Engine для MySQL, хранящий записи как файлы.

Source: habrahabr.ru